Uniwersytet prowadzi studia na 13 kierunkach: teologii, turystyce religijnej, filozofii, historii, historii sztuki, ochronie dóbr kultury, turystyce historycznej, muzyce kościelnej, archiwistyce i zarządzaniu dokumentacją, studiach historyczno-społecznych oraz dziennikarstwie i komunikacji społecznej, naukach o rodzinie, pracy socjalnej.

Uczelnia prowadzi też studia doktoranckie w zakresie teologii, filozofii i historii. W Krakowie można też uzyskać licencjat kościelny z prawa kanonicznego. Studia stacjonarne są bezpłatne. Dyplomy uczelni są w pełni uznawane przez Rzeczpospolitą Polską i pozostałe kraje Unii Europejskiej.

Ks. prof. dr hab. Wojciech Zyzak, rektor UPJPII zaprasza do grona studentów i słuchaczy Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie. Szczegółowe informacje o ofercie dydaktycznej i zasadach rekrutacyjnych znajdują się na stronie internetowej www.upjp2.edu.pl.